國家稅務總局深圳市稅務局第三稅務分局的主要職責是：

負責全市（不含前海深港現(xiàn)代服務業(yè)合作區(qū)）金融企業(yè)各項稅費的征收管理（上述金融企業(yè)原地稅業(yè)務自2018年9月1日起由國家稅務總局深圳市稅務局第三稅務分局負責征收管理）；負責南海東部海域從事為勘探、開發(fā)石油（天然氣）提供服務的承包商以及設在深圳的中、外石油公司或機構各項稅費的征收管理。