中華人民共和國南陽海關，機構規(guī)格正處級， 2018年根據(jù)機構改革部署，原出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關，經中央編辦、海關總署批準，設立南陽海關。下設科級機構7個，分別為：辦公室（黨委組織宣傳部）、綜合業(yè)務一科、綜合業(yè)務二科、查檢一科、查檢二科、查檢三科、企管稽查科。

南陽海關受鄭州海關直接領導，偏屬地綜合型海關，按授權負責南陽市區(qū)域范圍內海關各類管理工作的執(zhí)行。主要負責黨的基層組織建設和干部隊伍建設；辦理具體海關業(yè)務，反饋執(zhí)法作業(yè)結果；完成鄭州海關交辦的其他工作。